根据目前披露的信息，微软反垄断调查的起因已经基本确定。有企业举报反映的微软公司存在对其Windows操作系统和Office办公软件相关信息没有完全公开而造成兼容性问题、搭售、文件验证等问题，国家工商总局认为微软涉嫌违反中国《反垄断法》，因此对微软进行了核查。
下一步微软需要配合国家工商总局进行调查，当然微软也有抗辩的权力。一般来说，整个反垄断调查分为以下几步：
1、发现相关问题
微软反垄断调查起因是有企业举报微软。实际上此前一直有声音质疑微软垄断，国家相关机构正式对微软进行调查标志着国家对国外跨国企业在国内经营行为的监管更加严格。
在国家工商总局公布的信息中，微软的问题包括了搭售，这在《中华人民共和国反垄断法》第三章滥用市场支配地位中有明确规定：没有正当理由搭售商品，或者在交易时附加其他不合理的交易条件的属于垄断行为。
2、确定调查机构
此次对微软进行反垄断调查的是国家工商总局。国内垄断执法部门包括国家发改委、工商总局和商务部，其分工分别为：国家发改委查处价格垄断；工商总局查处垄断协议、滥用市场支配地位、滥用行政权力排除限制竞争；商务部负责经营者集中（兼并收购）行为的审查。
微软目前涉嫌滥用市场支配地位，因此调查机构为国家工商总局。
法律规定，一个经营者在相关市场的市场份额达到二分之一的，可以确定为具有市场支配地位。此次调查的重点产品是微软Windows操作系统和Office办公软件，根据第三方数据统计机构CNZZ发布的数据，2014年3月份，国内操作系统市场仍然是Windows的天下，其所占份额为90.27%，符合条件。关于Office办公软件的国内市场份额目前没有明确的权威数字，但是常识判断，不论是在企业市场还是个人市场，其份额超过50%的可能性都非常高。
3、调查实施
反垄断机构正式开始调查，可以进入被调查的经营者的营业场所或者其他有关场所进行检查；询问被调查的经营者、利害关系人或者其他有关单位或者个人，要求其说明有关情况；也可以查阅、复制被调查的经营者、利害关系人或者其他有关单位或者个人的有关单证、协议、会计账簿、业务函电、电子数据等文件、资料。
被调查的经营者、利害关系人或者其他有关单位或者个人应当配合反垄断执法机构依法履行职责，不得拒绝、阻碍反垄断执法机构的调查。
微软反垄断调查也存在中止的可能，被调查的经营者承诺在反垄断执法机构认可的期限内采取具体措施消除该行为后果的，反垄断执法机构可以决定中止调查。
4、确定法律责任
如果确定微软滥用市场支配地位，国家工商总局可以责令微软停止违法行为，没收违法所得，并处上一年度销售额百分之一以上百分之十以下的罚款。
国内反垄断调查近两年开始加大实施力度，实际上在国外，微软很早就曾因为捆绑销售问题而遭遇反垄断调查，并且被重罚。2004年3月，欧盟委员会宣布微软公司违反了欧盟竞争法，对其处以4.972亿欧元（约合6.118亿美元）巨额罚款，原因就是微软把一些附加软件与视窗操作系统“捆绑”销售。
2004年6月7日,微软向欧洲初审法院提出申诉，要求推翻欧盟委员会的决定。同月微软还请求欧洲初审法院下令，在法院判决作出前暂缓执行欧盟委员会的决定。2004年7月，微软公司支付了罚款。
不过事件到此并未结束，2004年12月，欧洲初审法院驳回了微软公司要求推翻欧盟委员会决定的请求。2005年6月15日，微软不得不推出不带自身媒体播放器的“视窗”操作系统。
欧盟对微软的反垄断调查最初在于有公司举报微软公司拒绝向服务器行业的竞争对手提供相关技术信息，导致竞争对手开发的软件无法与微软“视窗”(Windows)操作系统充分兼容。而这也是本次国家工商总局对微软反垄断调查的起因之一。
